Postdoktor i maskininlärning inom strukturell bioinformatik en Linköpings Universitet


Kunniga och engagerade medarbetare med goda förutsättningar är en av de absolut viktigaste framgångsfaktorerna för Linköpings universitet. Lärare och forskare är vår kärnkompetens, men ett framgångsrikt universitet behöver erfarna och motiverade medarbetare inom många områden. Alla roller är viktiga. Vi har ett stort rekryteringsbehov bland annat tack vare av en forskningsverksamhet i expansion. Du behövs här. Välkommen att söka jobb hos oss!
Institutionen för fysik, kemi och biologi (IFM) bedriver såväl grundutbildning som forskning och forskarutbildning. Forskning är den dominerande verksamheten och den sker ofta i samverkan med företag och internationella partners. Vi är en av universitetets äldsta, mest välkända och största institutioner och omfattar fem samverkande vetenskapliga områden: biologi, kemi, materialfysik, tillämpad fysik samt teori och modellering.
Läs mer: https://liu.se/organisation/liu/ifm
Vi söker nu en postdoktor i maskininlärning inom strukturell bioinformatik med placering vid Institutionen för fysik, kemi och biologi (IFM).

Dina arbetsuppgifter

Denna tjänst är en del av ett samarbete mellan de två största forskningsprogrammen i Sverige, Wallenberg AI, Autonomous Systems and Software Program (WASP) och SciLifeLabs och Wallenbergs nationella program för datadriven livsvetenskap (Data-Driven Life Science, DDLS). Målet är att lösa banbrytande tvärdisciplinära forskningsfrågor.
Tjänsten är en del av forskningsprojektet ” Data-driven application to protein-protein interactions”, som är ett gemensamt tvärvetenskapligt forskningsprojekt mellan professor Björn Wallner vid Linköpings universitet () och universitetslektor Alexey Amunts vid SciLifeLab () med syfte att använda och utveckla AI-metoder för att förstå protein-protein-interaktioner och tillämpa dem på biologiskt relevanta problem för vilka vi har cryo-EM-data. Projektet går ut på att använda befintliga metoder, som, och att utveckla nya AI-metoder som är specifikt anpassade till problemet och tillgängliga data. Tjänsten är baserad vid AI för strukturbiolog vid LiU, men innefattar samarbete med cryo-EM vid SciLifeLab.
Vi söker en motiverad, oberoende postdok inom AI och maskininlärning och/eller strukturbiologi som är intresserad av att lära sig nya metoder. Centralt i projektet är utvecklingen av metoder som införlivar experimentella data eller annan information i AI-metoderna för att förbättra förutsägelser och modelleringsmöjligheter.
AI för strukturbiologi vid LiU är den ledande gruppen för strukturell bioinformatik i Sverige och har bidragit med flera idéer och metoder som används av AlphaFold (användandet av rawMSA och DockQ score). Gruppen är placerad tillsammans med experimentella grupper i strukturbiologi vid institutionen för att säkerställa att de utvecklade metoderna är relevanta och lätta att tillämpa. Det aktuella forskningsfokuset ligger på hur man kan införliva proteindynamik och flexibilitet i modellerna för att möjliggöra en djupare förståelse för proteinfunktion. Gruppen har tillgång till det nyinstallerade Berzelius GPU-klustret. Berzelius är en NVIDIA® SuperPOD som består av 60 NVIDIA® DGX-A100 beräkningsnoder från Atos. Varje DGX-A100-nod är utrustad med 8 NVIDIA® A100 Tensor Core GPU:er, med 40GB HBM2 VRAM var, 2 AMD Epyc™ 7742 processorer, 1 TB RAM och 15 TB lokal NVMe SSD lagring.
Cryo-EM vid SU består av tre doktorander och tre postdoktorer. Gruppen har tillgång till en toppmodern cryo-EM-anläggningen utrustad med Titan Krios-mikroskop med K3 direktelektrondetektorer. Forskningsfokus ligger på stora multiproteinkomplex involverade i bioenergetik.
Den postdoktorala tjänsten erbjuder en möjlighet att vidareutveckla din forskningsprofil då större delen av arbetstiden ägnas åt forskning. Som postdoktor förväntas du arbeta självständigt och kunna handleda magisterstudenter och doktorander. Även undervisning av studenter på grundnivå kan komma att ingå i arbetsuppgifterna, dock till högst en femtedel av arbetstiden.

Information om WASP och DDLS

WASP: Wallenberg AI, Autonomous Systems and Software Program, WASP, är Sveriges största enskilda forskningsprogram i modern tid. Programmet skapar en plattform för akademisk forskning och utbildning i nära samarbete med ledande svensk teknikintensiv industri. Forskningen innefattar artificiell intelligens och autonoma system som verkar i samarbete med människor och som anpassar sig till sin omgivning med hjälp av sensorer, information och kunskap och skapar intelligenta system av system. WASPs vision är excellent forskning och kompetens inom artificiell intelligens, autonoma system och mjukvara till gagn för svensk industri. Läs mer: /
DDLS: SciLifeLabs och Wallenbergs nationella program för datadriven livsvetenskap (Data-Driven Life Science, DDLS) är ett 12-årigt initiativ fokuserat på datadriven forskning inom områden som är nödvändiga för att förbättra människors liv, upptäcka och behandla sjukdomar, skydda biodiversitet och skapa hållbarhet. Programmet kommer att utbilda och stötta nästa generation av forskare inom livsvetenskap och skapa en stark datavetenskaplig bas. Programmet avser stärka nationella samarbeten mellan universitet, koppla samman forskare inom livs- och datavetenskap samt att skapa samarbeten med industri, sjukvården och andra nationella och internationella aktörer. Läs mer:

Dina kvalifikationer

För att vara behörig till anställning som postdoktor har du avlagt doktorsexamen eller har en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen. Din examen ska vara avlagd senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas.
Det är meriterande om din examen är avlagd högst tre år före sista ansökningsdag för denna anställning. Om det finns särskilda skäl kan den komma i fråga som avlagt doktorsexamen tidigare, exempelvis vid olika typer av lagstadgade ledigheter.
Vi söker dig som har en doktorsexamen inom ett relevant område, som bioinformatik, datavetenskap eller strukturbiologi. Tidigare erfarenhet av maskininlärning, artificiell intelligens och/eller strukturbiologi är ett krav. Den sökande bör även ha erfarenhet av programmering, gärna Python eller motsvarande språk. God kommunikativ förmåga och flytande engelska i tal och skrift är ett krav. Vana att arbeta med stora datamängder i HPC-miljö är också meriterande.

Om anställningen

Anställningen är en tidsbegränsad anställning på två år med möjlighet till förlängning med en sammanlagd anställningstid på högst tre år. Anställningen som postdoktor är på heltid.
TillträdeSå snart som möjligt.

Lön

Universitetet tillämpar individuell lönesättning, lämna löneanspråk i din ansökan. Budgeten för lön inom det här projektet är dock rejält tilltagen, jämfört med andra postdoktjänster.
Läs mer om förmåner för anställda

Fackliga kontaktpersoner

Information om fackliga kontaktpersoner, se .
AnsökanDu söker denna anställning genom att klicka på knappen ”Ansök” nedan. Din ansökan ska vara Linköpings universitet tillhanda senast den 15 augusti 2022. Ansökan som inkommer efter sista ansökningsdag beaktas ej.
Vi välkomnar sökande med olika bakgrund, erfarenheter och perspektiv, det berikar och utvecklar vår verksamhet. För oss är det självklart att värna om allas lika värde, rättigheter och möjligheter. Läs om vårt arbete med .
Välkommen med din ansökan!
Linköpings universitet har upphandlade avtal och undanber oss direktkontakt från bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser.

Recuerda mencionar que haz encontrado este puesto de trabajo a través Graduateland